全国解放后，审判日本战争罪犯是中国人民同帝国主义侵略势力斗争中的一件大事，是一次重大的国际斗争。１９５１年，我国最高人民检察署（１９５４年根据宪法规定改称人民检察院）就着手收集日本侵华战争罪犯的罪证材料。全国人民也纷纷上书人民政府，控告日本侵略军的罪行。１９５４年８月１２日，济南市人民检察院接到济南市郊六区西十里河村全体村民对前日本侵略军在济南西郊琵琶山下“万人坑”屠杀我抗日军民的控诉材料。经向山东省人民检察院汇报后，又报中华人民共和国最高人民检察院。同年１２月，最高人民检察院派检察员李瑞珍到济南市人民检察院传达挖掘“万人坑”尸骨的指示。经向市委和省人民检察院汇报，决定在市政府和上级检察机关的领导下，由济南市人民检察院检察长李又村任总指挥，副检察长刘献林组织实施，并派检察员郑文斋、袁春魁等参加具体工作，会同市公安局、市建委、大众日报社、郊六区人民政府等２９个单位，组成联合调查挖掘小组。挖掘前先派员赴山东省薛城、邹县等地，找到部分被害苦主，作了详细调查，并根据济南市郊六区西十里河村全体村民提供的情况，召开了多次座谈会，掌握了“万人坑”的情况和地址。最高人民检察院还为挖掘“万人坑”聘请了中国人民解放军军医大学法医学教授陈康颐作为尸骨鉴定人，同时聘请北京电影制片厂的孙技师进行实地拍摄，并派检察员王广恩亲临现场指导。济南市人民检察院也聘请了山东医学院教授孙绍谦、法医学助教沈宝铭、王建清参加鉴定。北京市人民法院、济南市中级人民法院的法医参加了挖掘与鉴定工作。参加这次挖掘的人员共计９４人，于１９５４年１２月１０日、１９５５年１月７日，前后两次以１６天的时间在“万人坑”中挖掘了８个尸穴。第一次挖掘２个坑穴，拣取尸骨４木箱又８席包，提取完整枪弹一发，枪弹头１６个；第二次挖掘大小６个坑穴，拣取尸骨５５７蒲包，提取枪弹壳１４个，弹头２０４个，火车时间表若干本。经对尸骨清洗鉴定证实：前日本侵略军在“万人坑”屠杀的我抗日军民，男、女、老、幼皆有，年龄最大的６０多岁，最小的十四五岁。挖掘出的尸骨较完整的有７４６具，其中男２８３具，女７具，难以推断的４５６具。屠杀的手段有火器杀害的１７３具，锐器杀害的３２具，钝器杀害的３具，颅骨粉碎骨折的２２９具，尸骨较完整没有伤痕主要是活埋致死的９７具，其他２０７具，尸骨零乱无法认定的难计其数。